一、滥用抗生素兽药导致人体细菌的耐药性
近年来，随着抗生素不断在动物饲养中的大量使用，细菌中的耐药菌株数量也在不断的增加，在国内，磺胺类、四环类、青霉素、氯霉素、卡那霉素、庆大霉素等药物，临床效果越来越差，使用剂量也在大幅度增加。近年来出现的“超级细菌”就是一个例子，2010 年8 月11日，英国的权威医学杂志《柳叶刀》称发现了一种“超级细菌”携带有NDM-1基因,是一种对决大多数抗生素不敏感的细菌。发生的主要原因是一方面是人们过度的依赖抗生素，长期滥用抗生素，另一方面是动物性食品中抗生素残留造成的严重恶果。
除此之外，大量滥用抗生素的动物如死亡后，抗生素等药物进入水体，将使得水环境成为耐药性菌株的基因贮存库，同时也将成为耐药性基因的扩展和演化的媒介。
二、滥用抗生素兽药导致过敏与变态反应
一些抗菌药物，如青霉素、磺胺类药物、四环素和某些氨基糖苷类抗生素残留于动物食品并进入人体后，能使部分人群发生过敏反应及变态反应。如直接导致欧盟2002年1月31日起全面禁止我国的动物源性食品入境的氯霉素事件，原因是消费者食用含有氯霉素残留的虾仁产生了过敏反应。过敏反应症状多种多样，人食用含有抗生素的乳及其乳制品，也会出现荨麻疹或过敏休克反应。
三、滥用抗生素兽药严重损害动物及人机体免疫细胞功能
畜禽摄入大量庆大霉素、卡那霉素、四环素、链霉素、新霉素等抗生素后，会随着血液循环分布到淋巴结、肾、肝、骨骼等组织器官，动物机体的免疫被逐渐消弱，使得慢性疾病增多而频频复发。食用了大量含有抗生素残留的动物性产品后，人体免疫机能也会受到一定损害。
四、滥用抗生素兽药在人体内产生毒性作用
残留在食品中的抗生素，如氨基糖苷类的链霉素、新霉素等，这些抗生素进入人体，对人体产生慢性毒害作用，如氯霉素长时间在人体内，就可以引起再生障碍性贫血、粒状白细胞缺乏症、血小板减少，再生障碍性贫血死亡率达70%，即使康复，也常发生白血病;磺胺二甲嘧啶能诱发人的甲状腺癌;硝基咪唑及硝基呋喃类药物，能引起人体细胞染色体突变和致畸胎;四环素降解产物具有更强的溶血或肝毒作用;磺胺类药物损害肾功能和造血系统等。此外残留抗生素进入人体内还容易导致人体细胞致癌、致畸、致突变。
同时由于药物残留又能抑制免疫细胞的活性，故具有潜在的致突变作用，引起人体细胞染色体发生突变。
